หนังสือพิมพ์คมชัดลึก ตกเป็นผู้ต้องหาในคดีหมิ่นพระบรมเดชานุภาพ จากการตีพิมพ์คำให้สัมภาษณ์หลังเวทีของ สนธิ ลิ้มทองกุล อดีตผู้ก่อตั้งหนังสือพิมพ์ผู้จัดการ และแกนนำพันธมิตรประชาชนเพื่อประชาธิปไตย ในฉบับประจำวันศุกร์ที่ 24 มีนาคม พ.ศ. 2549 ซึ่งกล่าวในทำนองว่า หากผู้รับสนองพระบรมราชโองการไม่รับผิดชอบในความผิดพลาดของพระราชกฤษฎีกาแล้ว จะให้ใครรับผิดชอบ ซึ่งทำให้ประชาชนฟ้องร้องดำเนินคดีต่อนายสนธิ และหนังสือพิมพ์คมชัดลึก เป็นจำนวนมาก ในหลายพื้นที่

ต่อมา เมื่อเวลา 10.00 น. วันที่ 30 มีนาคม กลุ่มคาราวานคนจน ที่เป็นกลุ่มที่นำหนังสือพิมพ์มาแสดงเป็นกลุ่มแรก บนเวทีปราศรัยสวนจตุจักร จำนวนนับพันคน นำโดย นายคำตา แคนบุญจันทร์ นายอรรถฤทธิ์ สิงห์ลอ นายชินวัฒน์ หาบุญพาด นายชูพงศ์ ถี่ถ้วน[7] นายประยูร ครองยศ นายทองเจือ ชาติกิจเจริญ เป็นต้น เคลื่อนขบวนจากสวนจตุจักร มาชุมนุมหน้าอาคารอินเตอร์ลิงก์ทาวเวอร์ เพื่อประท้วงคมชัดลึก

เวลาผ่านไปกว่า 7 ชั่วโมง จึงได้ผลการเจรจาระหว่างกลุ่มคาราวานคนจน กับผู้บริหารหนังสือพิมพ์คมชัดลึก สรุปได้ว่า หนังสือพิมพ์คมชัดลึกขอปิดตัวเองเป็นเวลา 5 วัน และในฉบับวันที่ 3 เมษายน ซึ่งเป็นฉบับแรก หลังจากปิดตัวเองรอบแรก 3 วัน จะตีพิมพ์คำขอพระราชทานอภัยโทษ บนหน้า 1 นายก่อเขต จันทเลิศลักษณ์ ประกาศลาออกจาก บรรณาธิการบริหาร หนังสือพิมพ์คมชัดลึก เพื่อแสดงความรับผิดชอบ (ปัจจุบันไปเป็นผู้อำนวยการสำนักข่าว สถานีโทรทัศน์ไทยพีบีเอส) สั่งปลดผู้สื่อข่าวที่เขียนข่าวดังกล่าว และบรรณาธิการข่าวหน้า 1

ทั้งนี้ นสพ.คมชัดลึก ได้แสดงความรับผิดชอบ ด้วยการสั่งให้ออกพนักงานทีมข่าวหน้า 1 โทษฐานประมาทเลินเล่อ และนายก่อเขต จันทเลิศลักษณ์ ลาออกจากการเป็นบรรณาธิการบริหาร นสพ.คมชัดลึก เพื่อแสดงความรับผิดชอบ พร้อมทั้งทำหนังสือต่อสำนักราชเลขาธิการ เพื่อขอพระราชทานอภัยโทษต่อพระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช จากการตีพิมพ์ข้อความที่ทำให้ระคายเคืองเบื้องพระยุคลบาท ทั้งนี้ได้ตีพิมพ์หนังสือลงในหน้าหนึ่ง ของ นสพ.คมชัดลึก ฉบับประจำวันที่ 29 มีนาคม พ.ศ. 2549

เวลาผ่านไปกว่า 7 ชั่วโมง การเจรจาระหว่างกลุ่มดังกล่าวสรุปได้ว่า หนังสือพิมพ์คมชัดลึกขอปิดตัวเองเป็นเวลา 5 วัน นายก่อเขต จันทเลิศลักษณ์ บรรณาธิการบริหารในขณะนั้น ลาออกจากตำแหน่งเพื่อแสดงความรับผิดชอบ สั่งปลดผู้สื่อข่าว และบรรณาธิการข่าวหน้า 1 ในวันเกิดเหตุ และจะต้องลงข่าวระบุว่า กลุ่มคนไทยผู้จงรักภักดีฯ ได้มาชุมนุมเรียกร้องในวันดังกล่าว ตามที่กลุ่มคาราวานคนจนบังคับ

เหตุการณ์ในครั้งนี้ สมาคมนักข่าวนักหนังสือพิมพ์แห่งประเทศไทย สมาคมนักข่าววิทยุและโทรทัศน์ไทย คณะกรรมการรณรงค์เพื่อการปฏิรูปสื่อ นักวิชาการ สื่อมวลชน รวมถึงนิสิต นักศึกษา ได้ยกย่องและให้กำลังใจในการแสดงความรับผิดชอบของหนังสือพิมพ์คมชัดลึก และประณามการกระทำของกลุ่มมวลชนบางกลุ่มที่เป็นเครื่องมือของฝ่ายการเมือง ในการคุกคามเสรีภาพของสื่อมวลชน [8]

ต่อมาวันที่ 30 พฤศจิกายน พ.ศ. 2552 ศาลอาญากรุงเทพใต้พิพากษาจำคุก นายคำตา แคนบุญจันทร์ สมัชชาเกษตรรายย่อย , นายอรรถฤทธิ์ สิงห์ลอ เลขาธิการคาราวานคนจน , นายชูพงษ์ ถี่ถ้วน , นายธนวิชญ์ ปาละกะวงศ์ ณ อยุธยา แกนนำคาราวานคนจน , นายชิวัฒน์ หาบุญพาด แนวร่วม นปช. และ นายสำเริง อดิษะ แกนนำคาราวานคนจน เป็นจำเลยที่ 1-6 ในความผิดฐาน ร่วมกันตั้งแต่ 5 คนขึ้นไปข่มขืนใจผู้อื่นให้เกิดความหวาดกลัวว่าจะเกิดอันตรายต่อชีวิต ร่างกาย, กักขัง หน่วงเหนี่ยว และ พรบ.ควบคุมการโฆษณาด้วยเครื่องขยายเสียง พ.ศ. 2493 กรณีนำกลุ่มผู้ชุมนุมไปปิดล้อมอาคารอินเตอร์ลิงก์ ทาวเวอร์[9]